Optimoitu Aivojen Uuttamiskripti Potilaiden Aivoille – Professori Martin Montin Laboratorioverkkosivusto
Best Online Casinos
1. Sol Casino
Free Sign-Up Bonus: 70 Free Spins ( Free Sign-Up Bonus Link )
First Deposit Bonus: 200% up to €/$ 200 ( Registration Link )
2. Fresh Casino
Free Sign-Up Bonus: 150 Free Spins ( Free Sign-Up Bonus Link )
First Deposit Bonus: 100% up to €/$ 500 ( Registration Link )
3. Jet Casino
Free Sign-Up Bonus: 70 Free Spins ( Free Sign-Up Bonus Link )
First Deposit Bonus: 200% up to €/$ 200 ( Registration Link )
Optimoitu aivojen uuttamiskripti potilaiden aivoille – professori Martin Montin laboratorioverkkosivusto
optbetti on shell -skripti Aivojen poistojen suorittaminen jopa potilailla, joissa on laajaa patologiaa. Komentosarja on nyt testattu yli 70 potilaan aivoa, ja se toimii paremmin kuin kaikki käytettävissä olevat työkalut (Katso alla oleva kuva-A.
Lutkenhoff ES, Rosenberg M, Chiang J, Zhang K, Pickard JD, Owen AM, Monti MM. (2014) Optimoitu aivojen uutto patologisille aivoille (Optibet). PLoS One 9 (12): E115551. doi: 10.1371/päiväkirja.pone.0115551
Asennus: laita vain komentosarja polullesi (ja tee tarvittaessa siitä suoritettava; E.g., ”CHMOD 755 OPTIBET.sh ”). Ainoa oletusasetusten vaatimus on FSL: n asentaminen. Jos haluat käyttää AFNI-vaihtoehtoa (mikä arvioinnissamme on sub-optimaalinen!) Sitten tarvitset sekä FSL: n että AFNI: n asennettuna.
KÄYTTÖ: sh optbet.sh -i <input_image> -vaihtoehdot
Kirjoita sh optbet.SH: n täydellinen luettelo vaihtoehdoista
-F -komentosarja käyttää FSL: ää alkuperäiseen uuttamiseen (oletus)
-Komentosarja käyttää AFNI: tä alkuperäiseen uuttamiseen
-o Komentosarja käyttää MNI152_T1_1mm_brain_mask.Nii.GZ Maskille (oletus)
-T -komentosarja käyttää MNI152_T1_2mm_brain_mask.Nii.GZ maski
-G -komentosarja käyttää AVG152T1_Brainia.Nii.GZ maski
-D Käytä virheenkorjaustilaa (ei poista välitiedostoja)
*Komentosarja vaatii FSL: n ja AFNIInput -kuvan asianmukaisen asentamisen vakiosuunnassa; käyttää .Nii.GZ -kuva syötäväksi; Tulokset binaarisoidut aivojen extraktionaamiot, tallennettuna seuraavasti: <input_image>_optibet_brain_mask.Nii.GZ: n ja täyden intensiteetin aivojen leviäminen, tallennettuna seuraavasti: <input_image>_optibet_brain.Nii.GZ
* Kuoresta ja kokoonpanostasi riippuen (E.g. Jotkut Ubuntu -asennukset), aloita Optibet kirjoittamalla:
sh optbet.sh -i -tulo tai
bash -optbet.sh -i -syöttö
Vertailutiedot
(”Manuaalinen” on manuaalisesti poistettu “kulta-standardi”, johon kaikkia muita uuttoja verrataan. RBX: ROBEX; 3DS: 3dskullstrip; Yhdysvallat: käyttääKull;)
Näytteen uuttotulokset. Eri algoritmeista/vaihtoehdoista (harmaana) saatujen aivojen uutteiden renderointi verrattuna manuaalisesti jäljitettyyn vertailuarvoon (esitetty vihreänä johtokehyksessä) kolmelle näytteelle potilaalle, joilla on eri aivopatologia (pieni, keskipitkä ja korkea vasemmalle, vasemmalle, vasemmalle, vasemmalle, vasemmalle, vasemmalle, vasemmalle, vasemmalle, vasemmalle keskimmäiset ja oikeat sarakkeet). Ensimmäinen rivi kuvaa vertailukeskuksen (harmaana) ja vertailukohdan kehyksen renderointia havainnollistaakseen ”täydellisen istuvuuden tapausta.”(Renderöinnit, jotka on saatu Paraview; Hendrson, 2004). Alueet, joilla vihreää ei ole näkyvissä.g., Rivi 5, sarake 2, kuvassa). Alueet, joilla vain vihreä kehyskehys on näkyvissä (E.g., Rivit 3 ja 4, sarake 2), ja mikään harmaa alue ei ole, osoittavat alueet, joilla aivojen uutto oli liian konservatiivinen, poistaen aivokudoksen.
اترك تعليقاً